Độ dài gene, hình phân tử và thời gian được giản lược. Không suy ra trình tự base, amino acid hay cấu trúc protein thật từ hình; các thanh nối ADN chỉ biểu thị cấu trúc xoắn kép.
Phiên mã và dịch mã có thể diễn ra đồng thời trong mô hình. Khung nhìn không biểu diễn nhân tế bào hay vận chuyển qua màng nhân.
Yếu tố dương làm tăng khả năng khởi đầu phiên mã; yếu tố âm có thể cản vị trí gắn. Phân tử chuyển động và gắn/tách ngẫu nhiên; đưa tới vị trí gợi ý không bảo đảm gắn thành công.
Phân tử chuyển động trong vùng quan sát giới hạn; khay thu protein là công cụ đếm sản phẩm của thí nghiệm, không phải bào quan. Ái lực 0–1 là thang chuẩn hóa, không phải xác suất phiên mã trực tiếp.
Chế độ Sản xuất ARN chỉ tạo ARN và có bảy polymerase. ARN hoàn tất tự mờ; bộ đếm ARN hoàn tất không phải nồng độ hoặc lượng protein.
Kéo hoặc đặt phân tử sẽ tạm dừng để thao tác chính xác. Khôi phục luôn ở trạng thái tạm dừng. Phiên dừng ở giới hạn 200 phân tử/ARN hoặc giới hạn bản ghi.